Depende de onde está sua instalação do GRUB: se estiver no Ubuntu, a exclusão dessa distro destruirá seu GRUB.
Se você quiser excluir o Ubuntu e manter o Fedora, sugiro instalar o grub no MBR do Fedora; o comando deve ser
grub-install /dev/sda
(ou sdb, sdc, etc, dependendo do seu sistema).