O que você quer dizer com "imprimir um documento PDF no Linux"? Você usou o Acrobat Reader para Linux ou outra ferramenta como o Okular ou o Evince? O Portable Document Format é um formato complexo e é bem provável que o arquivo que você está tentando imprimir não seja corretamente suportado em seu visualizador de PDF ou não esteja corretamente codificado no próprio arquivo PDF (o arquivo está danificado ou não está bem formado).
Minha recomendação seria tentar ferramentas diferentes para ver se eles conseguem lidar melhor com o arquivo. Além do Reader for Linux da Adobe, existem diferentes ferramentas que usam a biblioteca Poppler, por exemplo, o Okular (KDE) ou o evince (Gnome). Finalmente, você tem o Ghostscript, que tem uma ferramenta de linha de comando (gs) para renderizar arquivos PDF e PostScript em imagens de bitmap, para que você possa renderizar seu arquivo PDF em um arquivo PNG ou TIFF e imprimi-lo.
Existem também alguns scripts / programas usando Ghostscript ou Poppler para converter entre PDF e PostScript (por exemplo, ps2pdf, pdf2ps, pdftops), para que você possa tentar converter seu PDF em PostScript e depois voltar para PDF. Isso também ajuda às vezes.