Esse comportamento é esperado e é perfeitamente bom para a renderização de vídeo. Se você tiver uma máquina multi-core (e se o Pinnacle estiver ciente de vários núcleos), você pode ir para o gerenciador de tarefas, clicar com o botão direito do mouse no processo e definir a afinidade para apenas alguns núcleos.
No entanto, eu deixaria 100% se eu fosse você - você preferiria executar a CPU em 50% e demoraria o dobro disso?
Pessoalmente, eu também verificaria se você pode excluir a pasta temporária do Pinnacle e a pasta para a qual ele está salvando o arquivo, pois isso pode fazer uma grande diferença (e se não diminuir a CPU, pode aumentar a velocidade strongmente).