O procedimento básico é remover a versão instalada e, em seguida, instalar a nova:
sudo apt-get purge nginx
Agora, faça o download da tarball de origem do que você deseja instalar e extraia:
wget http://nginx.org/download/nginx-1.3.11.tar.gz
tar xvvzf nginx-1.3.11.tar.gz
Os arquivos que você vê em /etc e /lib são configurações e scripts de serviço e semelhantes. Eles estarão lá, independentemente de onde você instalar nginx , apt installs nginx to /usr .
Portanto, informe o script configure a ser instalado em /usr :
cd nginx-1.3.11/
./configure --prefix=/usr
Em seguida, compile e instale:
make
sudo make install