Supondo que você esteja usando-os diretamente no PC, por que não conectá-los por meio de uma interface externa (USB, eSata, Firewire etc.)? O Windows deve identificá-los como tal e não contá-los em sua verificação de hardware / ativação.
Outra coisa que você pode tentar é reinstalar o Windows (e reativá-lo) sem nenhuma unidade conectada (além do SSD do sistema operacional). Dessa forma, os drives não podem ser usados para calcular a assinatura usada para determinar as alterações de hardware que exigem reativação.