Use o menu Iniciar para procurar por "msconfig" e aperte enter. (digite msconfig em Executar se você estiver no XP)
Agora, tenha muito cuidado neste programa, pois você pode violar muitas coisas ao usá-lo de maneira incorreta.
Clique na guia Inicialização e procure seu aplicativo que você não deseja iniciar na inicialização. Se não estiver lá, verifique a guia Serviços.
Quando a encontrar, desmarque a caixa e clique em "OK" na parte inferior da janela.
Reinicie.
Quando o Windows voltar, ele informará que as coisas foram alteradas. Isso é normal, basta clicar em ok e pronto!
Se isso não funcionar; olhar através das configurações do aplicativo para uma opção de inicialização. Você pode realmente querer fazer isso primeiro.