Usar dois programas antivírus ao mesmo tempo não é considerado uma boa prática, tanto por motivos de desempenho quanto, especialmente, por razões de compatibilidade (programas antivírus diferentes às vezes se vêem como software inseguro).
Se você realmente quiser ter certeza de que o AV na sua máquina host funciona, sugiro que você escaneie seu sistema em modo de segurança ou use um AV ao vivo, como Avira AntiVir Rescue System .
Editar Outra opção, já que você diz que sua máquina host é mais importante que o sistema operacional convidado, seria montar automaticamente suas unidades USB dentro da VM e digitalizá-las a partir dali.