Com o arquivo somente leitura aberto no Acrobat, no menu Create
escolha Combine Files into a Single PDF...
, em seguida, a caixa de diálogo escolhe o menu Add Files...
- > Add Open Files...
e escolha o arquivo somente leitura, clique no botão Add Files
e depois no botão Combine Files
, e voila, seu arquivo não é mais somente leitura e pode ser criptografado.