Já faz um tempo desde que eu encontrei uma solução, mas tentarei recapitular. Eu usei find . -name '*'
para obter uma lista de todos os arquivos em ambas as estruturas e coloquei em dois arquivos de texto. Eu fui manualmente para o arquivo de texto para a estrutura hierárquica e removi os nomes das pastas usando regex find-replace em .*/\.*/\
no notepad ++. Por último, eu removi todos os diretórios manualmente que não foram feitos com o regex. Então eu fiz um diff
nos dois arquivos de log para encontrar os arquivos que não estavam em ambas as estruturas.