Estas instruções da Microsoft mostram como corrigir o problema quando o Windows esquece qual letra sua própria partição deve ter. Enquanto o link diz que eles são aplicáveis apenas para o Windows XP, as instruções foram examinadas para funcionar com o Windows Vista, 7 e 8.
Basicamente, o Windows identifica as partições por meio da amalgamação da assinatura / id de seu disco físico e o deslocamento da partição desde o início do disco. Se você mover uma partição para frente ou para trás, o Windows não poderá mais reconhecer que é a mesma partição que era.
Mesmo quando você aponta corretamente o BCD para a partição correta, uma vez que o Windows é carregado, ele ainda pode se atribuir uma letra diferente, pois ainda espera que o endereço da partição antiga apareça novamente (a chave de registro MountedDevices contém a correspondência entre partições físicas e letras de unidade lógica). Estas instruções irão corrigir isso.
Você pode seguir as mesmas instruções em um ambiente de recuperação baseado no Windows, mas precisará montar as seções do registro primeiro (pode ser perigoso se você não for cuidadoso!).