Pacotes nunca devem modificar arquivos pertencentes a outros pacotes.
Veja o link em 10.7.4
Você não pode simplesmente editar um arquivo de configuração pertencente a outro pacote. Se esse pacote suportar o diretório conf.d, você poderá colocar seu próprio arquivo de configuração nele.
Se o pacote de onde o conffile vem não fornecer nenhuma ferramenta para editá-lo, você deve fazer a pergunta para a lista de discussão debian-devel.