Você pode usar um programa gráfico gratuito como o Paint.NET, o GIMP ou o Photoshop CS2 e definir a opacidade para 50% da imagem inteira. talvez seja uma opção melhor do que fazer todos os outros pixels.
Se você realmente quer todos os outros pixels, então você terá que fazer isso de forma programática .. então aprenda a escrever software ou a alguém que saiba como fazê-lo.
Mas o PNG é compatível com um verdadeiro canal alfa - não com as coisas-chave de transparência limitadas com as quais você precisa lidar com o GIF.