Normalmente, se você visitar uma página e tentar iniciar um hiperlink que exija um manipulador de protocolo externo, a caixa de diálogo Chrome mostra que você pergunta o que fazer também deve ter uma caixa de seleção para lembrá-lo da sua escolha.
Se você não vir uma caixa de seleção ou se ela não funcionar, tente o seguinte após fechar todas as instâncias do Google Chrome. Em inglês, o Windows XP edita o arquivo
%UserProfile%\Local Settings\Application Data\Google\Chrome\User Data\Local State
em um editor de texto. Em Inglês Vista + o caminho para o arquivo é
%LocalAppData%\Google\Chrome\User Data\Local State
.
Agora, pesquise uma linha que diga "mailto": false,
e adicione seu próprio protocolo abaixo de maneira semelhante. Por exemplo:
"mailto": false,
"tel": false,
Se você usar algum outro SO que você não especificou, procure o arquivo e edite como mencionado acima, abra o navegador e veja se funcionou.