Eu sempre arrasto o endereço da barra de endereços diretamente para a barra de favoritos onde eu quero (em vez de ctrl + d), para que isso funcione você tem que selecionar o endereço inteiro primeiro ou clicar no pequeno ícone à esquerda de um endereço na barra de endereços e arraste-o para baixo. Você também pode clicar e arrastar os links reais de um site para a barra onde quiser. Podem ser outras maneiras de fazer isso também, é o que eu faço.
Eu sei que isso foi há um tempo atrás, mas recentemente encontrei outra solução para isso que eu realmente gosto. Uma extensão do Google Chrome que classifica os favoritos automaticamente, ajuda a limpar as duplicatas, pode classificar automaticamente, independentemente de como você adiciona um marcador ou de onde. Classifica as pastas primeiro, páginas da Web, exclui pastas vazias e outras coisas. Ele usa 20mb de memória, que é menor do que a maioria das minhas extensões e você pode apenas ativá-lo apenas quando quiser, mas 20mb não é um grande negócio.