Não tenho certeza de uma solução direta para o seu problema, ou seja, algo que permita que os aplicativos saibam as dimensões reais da tela menor ao espelhar.
No entanto, uso uma combinação de dois utilitários (infelizmente não gratuitos) para gerenciar a movimentação entre dois escritórios e a casa (cada um com uma combinação diferente de monitores conectados ao meu MacBook Pro).
Eles são:
Organize ( da Trifle Apps )
Fique ( por Cordless Dog )
Assim, o Arrange torna as janelas em movimento para locais precisos mais rápidos (atalhos de teclado, cantos quentes ou uma grade visual, como você preferir) e é ciente de vários monitores; A estadia salvará esses acordos em uma configuração por configuração. Então, uma vez que ele aprende que o monitor X significa que as janelas A e B têm um certo tamanho, ele se lembrará da próxima vez, e se forem diferentes no monitor Y, ele será alterado quando você conectar o monitor.
Ambos têm testes gratuitos, então você pode dar uma chance e ver se eles ajudam. Desculpe não poder oferecer uma solução grátis!
Atualizar
Agora uso o Spectacle ( de Eric Czarny ) em vez de usar o Arrange. É doação e parece ser mais estável na minha experiência. É menos sofisticado que o Arrange, mas faz tudo que eu preciso.