Foi minha experiência que a instalação suportada (nenhum disco de driver necessário) PCMCIA ou Express Cards carregará e ligará o driver Firewire ao novo hardware, mesmo que o driver tenha sido desativado para a porta Firewire integrada.
No Windows Server 2008 / Vista e superior, você deve poder usar a Diretiva de Grupo para desabilitar dispositivos por tipo. MS TechNet info: link