Cabe a um programa estabelecer, manter e destruir as portas que eles usam. assim, a menos que o próprio programa tenha um comando para parar de escutar em uma porta, não há como outro programa (ou o sistema operacional) liberar a porta. Matar o processo liberará a porta, mas o programa atual poderá mantê-la aberta pelo tempo que for possível, se desejar.
Estou um pouco confuso com sua descrição do modelo de processo. se você executar 'sudo netstat -ntlup', qual é o nome do processo que está escutando em 80? Normalmente, se você executar 6 programas java, você acabará com 6 processos java e poderá matar qualquer um deles a qualquer momento, sem causar impacto nos outros. você pode por favor explicar?