Minha resposta é "sim" e vou usar o registro de uma instalação de varejo regular como minha "documentação de suporte", pois não consigo encontrar um link para um artigo da Microsoft declarando isso oficialmente.
Para o modo de segurança, o Windows carregará os drivers / classes de dispositivo listados na seguinte chave: HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ SafeBoot \ Minimal
Na minha máquina de teste, vejo classes de dispositivos lá para controladores USB, dispositivos de interface humana (KB / mouse) e unidades de disco. Então, com base no que eu vejo lá, eu esperaria que um teclado, mouse e flash drive funcionassem em modo seguro.
Além disso, acho que você está interpretando mal o artigo da base de conhecimento da Microsoft. Acho que o título se refere a um cenário de problema específico em que o BIOS não suporta USB ou a opção está desativada. O artigo é não indicando que não há suporte a USB no modo de segurança.