Como exemplo, a Documentação do Clonezilla Live USB suporta a instalação manual a partir de um arquivo .ZIP, bem como automatizada a partir de Arquivo .ISO. No geral, os dois processos são os mesmos: se você puder inicializar o sistema a partir da chave USB, estará pronto e funcionará - e, de fato, ambos os métodos produzirão esse resultado.
Você pode usar um utilitário como você mencionou (Unetbootin, instalador USB Universal, Tuxboot, etc ...) para criar uma chave USB inicializável através de um arquivo ISO, ou você pode fazer manualmente o que o programa faz. Esse é considerado o método "manual" e implica o download do arquivo .ZIP oficial, a formatação manual da chave USB, se necessário, a extração de todos os arquivos para a chave e a execução do script incluído para tornar a unidade inicializável.