Muitos dos gnome-applets com os quais você está familiarizado usam tecnologias antigas como Bonobo, etc. Para trazê-los a um padrão moderno, eles precisariam ser repensados / reescritos / etc a partir do zero usando novas tecnologias como D-BUS .
Tornar os applets compatíveis não melhorará a usabilidade , mas apenas a compatibilidade com versões anteriores. Além disso, "Ayatana-applets", como você os chama, não são "applets" no sentido que você pode estar pensando, mas são indicadores ( veja aqui ). Com a quantidade de trabalho que seria necessária para trazer os antigos applets para a nova tecnologia seria um tanto inútil (para citar a Bíblia indiretamente, é como colocar vinho novo em velhas cascas de vinho), porque o GNOME 3 basicamente tornará estes obsoletos .
Também seria de notar que o GNOME Shell também não suportará esses applets antigos.