Eu fiz um pouco de investigação com base em um palpite (como eu nunca tive que fazer isso pessoalmente).
Pelo que encontrei, as configurações do IE são armazenadas no Registro do Windows. Você só precisa fazer com que ele exporte as configurações do registro nesta pasta:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer
Pelo que posso dizer, parece que todas as configurações são relevantes para o Internet Explorer (menos coisas armazenadas em outro lugar, como listas de Favoritos).
Como interpretar essas configurações armazenadas, no entanto, é ocasionalmente óbvio, mas às vezes nem tanto. Você terá que descobrir o que fazer com eles, depois de pegá-los.
Para obtê-los em sua máquina, você deve apenas mesclar essas configurações em seu próprio Registro. No entanto, não posso garantir que este seja o único lugar onde as configurações são armazenadas e que isso pode quebrar alguma outra coisa. Faça backup de seus dados e verifique se você tem pontos de restauração para voltar, caso algo dê errado.