O MySQL é iniciado por upstart. Você pode encontrar o arquivo de configuração em /etc/init/mysql.conf
Como você pode ver, o mysql existe somente no diretório /etc/init.d
e não no /etc/rcN.d
, portanto, ele não deve ser iniciado na inicialização.
$ sudo find /etc -regex ".*\(rc.*d\|init\.d\).*" | sudo grep "mysql" | sort
/etc/init.d/mysql
O MySQL é iniciado por upstart. Você pode encontrar o arquivo de configuração em /etc/init/mysql.conf