Supondo que você esteja conectado a um servidor IMAP e sendo executado no Windows 7, os dados serão armazenados em:
C:\Users\USER\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\yg4g294c.default\ImapMail
Onde "USER" é seu nome de usuário e "yg4g294c" será diferente em seu sistema.
Nessa pasta, você encontrará um monte de coisas, incluindo subpastas para cada servidor ao qual você se conecta. Um lá é uma subpasta para o nível superior do servidor de e-mail e há arquivos que contêm o e-mail real.
Deve fazer sentido quando você olha para ele.
Se você estiver usando POP3 em vez de IMAP, eu acho que você deve ver coisas semelhantes, embora com um layout ligeiramente diferente em uma pasta POPMail - embora eu esteja um pouco enferrujado no correio POP3 no Thunderbird como eu não usei para muito tempo.
Restaurar, porém, será mais complicado se você estiver usando o POP3. Usando o IMAP é fácil, exclua o perfil e comece novamente. Embora isso solte seus filtros, buscas salvas e assim por diante, exporte o que você deseja antes de excluir. Com o IMAP, tudo é mantido no servidor e o Thunderbird apenas mantém uma cópia local se você solicitar.
Deixe-me saber se você está usando o POP3 e encontre um arquivo para a pasta que deseja restaurar e tentarei lembrar como restaurá-lo (se for possível).