Quando fiz isso no Windows 7, as atualizações extremamente grandes, como service packs, não oferecem suporte a pontos de junção; então sim, você precisará mover os diretórios de volta. Você poderia tentar imitar temporariamente uma pasta (onde o ponto de junção agora é) que contém apenas os diretórios relacionados à Microsoft, não esqueça as pastas ocultas e os arquivos do sistema. Este último método é útil se você não tiver espaço suficiente para colocar tudo de volta, ou quando quiser poupá-lo algum tempo se as pastas forem muito grandes.