Simples ... A principal razão está nas patentes de software - a Microsoft está na América e tem que seguir a lei de patentes americana, onde patentes de software são aplicáveis, o que significa que incluí-las significaria pagamento de royalties.
O VLC é feito por uma equipe com sede na Europa onde o software não é patenteável (bem, na maioria das circunstâncias não comerciais), o que significa que, se puderem fazer engenharia reversa / sugerir uma alternativa gratuita, podem incluí-lo gratuitamente pagando um centavo em royalties.
Aqui está uma página da página da Video Lan que explica um pouco mais como eles são capazes de fazê-lo (e mostrando que está sob ameaça) - link
... Dito isto, a Microsoft está apoiando um monte de coisas fora da caixa, e fica melhor a cada lançamento do Windows, mas, eles nunca serão capazes de reproduzir o formato "EVERY" no mercado - e mesmo com o VLC, pode levar algum tempo a partir do lançamento de um novo formato em um codec para reprodução.