Se o hardware do seu computador for compatível, usar o controlador de disco da placa-mãe para fazer o controle do RAID funcionaria melhor do que usar o controlador RAID do Windows. Isso permitirá que você particione-o como uma unidade normal. Como alternativa, você pode comprar um controlador RAID de hardware se estiver em seu orçamento.
Parece que é possível forçar o Linux a reconhecer sua array, mas eu não sei como isso é confiável. Pelo que entendi, não é possível encolher o disco dinâmico, mas usando um método como esse, você pode conseguir partições que não sejam do Windows no disco dinâmico.