Isso está relacionado a esta pergunta ; por mais diferente que seja um servidor.
Eu uso crashplan e peguei /home , /root e /etc ; no entanto, após uma auditoria, determinei que muitos dos meus arquivos de configuração estavam, na verdade, em /var/lib (bind, dhcpd, etc).
Isso me faz pensar ... o que mais eu sinto falta? Neste momento eu tenho tempo para fazer esta pergunta, então fazer um teste de restauração está fora de questão (neste momento).
Alguns exemplos (você deve verificar onde essas coisas estão em sua distribuição, os exemplos são para um sistema RedHat):
/var/lib/imap e /var/spool/imap se você tiver um servidor IMAP /var/lib/mailman para o mailman /var/lib/mysql para o MySQL /var/log não é necessário, mas pode ser útil em caso de problemas /var/www para o apache