A única coisa em que consigo pensar é que o gerenciador de inicialização não está configurado corretamente. Embora você tenha dito que verificou o BCD e está apontando para a unidade correta ...
Como uma verificação de sanidade, tente baixar EasyBCD (certifique-se de que é a versão gratuita) e usar essa ferramenta para garantir que o carregador de inicialização está configurado corretamente? É uma interface gráfica para o bcdedit.exe e é muito fácil de usar.