Esse comportamento é devido ao Emacs usar um esquema de cores diferente quando o número de cores é muito limitado. Portanto, a causa subjacente da diferença é que, no Tmux, o número de cores disponíveis é restrito (não sei por quê). Você também pode alterar (com M-x customize-face RET ) as faces font-lock-comment-face e font-lock-command-delimiter-face para simplesmente solucionar o problema.