Há três possibilidades que vejo aqui - em primeiro lugar, pode ser uma consequência do uso de ASCII, em vez de modo binário - você pode querer mudar de modos. A segunda é a sua falta de habilidade no lado do servidor, mas isso está fora de nossas mãos. O terceiro seria tentar outro cliente para descartar a estranheza do cliente. Eu nunca tive problemas com o winscp quando estava usando, mas não faria mal se o FileZilla ou o CyberDuck (meu favorito) funcionassem melhor.