Eu sugiro que você veja o sparkleshare. Ele fornece muitos dos recursos do dropbox ou do ubuntu one (e pode se integrar a eles) e pode funcionar em UNIX genérico. se não, você pode considerar usar o vanilla git.
Exceto que, configurar um cron job que ssh's para o servidor em um agendamento e fazer o download dos arquivos seria uma opção viável.
o script executado pelo cron job pode ser tão simples quanto
ssh user@remote_host "tar -cf - ~" | bzip2 -zc | cat > ~/dropbox/$(date | sed 's/\ /\-/ig')-rhost_backup.tar
ou em termos laymans: "usando ssh, na chamada de sistema remota: 'crie um arquivo de% HOME_DIR% e coloque-o no console' zip com o bzip2 e coloque-o em um arquivo de data e hora na minha caixa de depósito (supondo que dropbox está em ~ / dropbox).
Obviamente, isso faz algumas suposições sobre o sistema do seu cliente, etc. Existem, provavelmente, maneiras de fazer isso no Windows, o Mac deve ser muito semelhante. Existem também opções para tar que permitem armazenar apenas novas versões dos arquivos, etc.