A versão que eu estava usando (2.6.0 beta) parece ter um bug que produz contêineres AVI não padrão.
A atualização para o mais recente à noite corrigiu o bug e produz arquivos AVI que podem ser lidos pelo Windows Explorer.
Uma ressalva, porém, meus testes descobriram que às vezes as AVIs produzidas mesmo com as noturnas não aparecem corretamente no Windows Explorer, a menos que você faça especificamente uma seleção; simplesmente deixar a seleção ausente realmente selecionará o vídeo inteiro, mas o vídeo resultante é ilegível pelo Explorer (isso não é sempre o caso e parece depender do vídeo de origem, mas meus testes foram consistentes, então sempre fazer uma seleção, mesmo que seja o vídeo inteiro, é uma boa ideia).