Bem, eu abri os aplicativos do console para verificar os logs na inicialização e aqui está a "mágica" que aconteceu:
4/9/12 12:02:05 PM vpnagent[47] Restoring backup hosts file: /etc/hosts.ac
D'uh. O hosts.ac é um arquivo de link vazio e substitui os hosts em todas as inicializações. Portanto, nenhum arquivo hosts após a inicialização. Acabei de reverter o link (hosts.ac links para hosts), reiniciei e funcionou. A pergunta é respondida.