A melhor maneira de verificar qualquer modificação no seu sistema, no seu caso, as pastas é usar um software Checksum para fazer isso. Há muitos deles, então eu sugiro que você tente estes:
Verificador de integridade de soma de verificação de arquivos da Microsoft (somente linha de comando)
ou este utilitário mais específico para pastas
FolderChangesView da Nirsoft