Sim, isso é normal. Você pode desativá-lo ou reduzir a frequência.
Para desativá-lo, vá para 'Startup Applications' (você pode procurá-lo no painel) e desmarque 'Update Notifier'. Esses aplicativos podem estar ocultos às vezes e você precisa mostrá-los. Veja esta pergunta: Como faço para adicionar / remover o "oculto" aplicativos de inicialização?
Em seguida, certifique-se de executar periodicamente esses comandos no terminal:
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Para reduzir a frequência, veja a resposta acima por @chakes,