Eu encontrei problemas semelhantes com outros programas. Em alguns casos, foi resolvido através da edição de arquivos ini (por exemplo, cisco VPN client que por algum motivo colocar a janela em + 1000000, + 18808879 .. Isso aconteceu sobre bimensalmente e não pôde ser resolvido estar mudando as resoluções do monitor).
Outros problemas semelhantes foram resolvidos alterando a resolução da tela enquanto o programa tinha uma janela aberta em algum lugar fora da tela. Isso força a janela a ser redesenhada dentro das bordas da nova resolução (inferior).
Você já escreveu que você alterou um monitor grande para um menor e vice-versa. Isso foi uma troca física das conexões dos monitores? Ou você já tentou alterar as resoluções?