Você não deve alterar o link simbólico para python para apontar para o Python 3, já que você já viu suas conseqüências. E eu recomendo que você crie o hábito de chamar programas do Python 3 com python3 , pois isso envolveria a menor quantidade de problemas mais tarde.
Mas se você insistir em chamar o Python 3 no seu Terminal usando python , você pode criar um alias para ele. Lembre-se, o alias é diferente do symlink. Edite o arquivo ~/.bash_aliases (crie-o se ele não existir) para adicionar o seguinte:
alias python='python3.2'
Em seguida, reinicie seu terminal e você poderá executar o Python 3 chamando python . Isso não quebraria nada, já que mudar o symlink faz.
Você pode até adicionar aliases como alias py3='python3.2' e, em seguida, chamar py3 para executar o Python 3. Isso é ainda mais curto e menos confuso.