Na minha caixa (ubuntu 12+), o css personalizado é possível:
~/.config/chromium/Default/User\ StyleSheets/Custom.css
Por enquanto, não é (ainda) possível chrome: // newtab /, consulte link mais informações.
creds @ link .
relacionado: Alterando a imagem de plano de fundo do NTP do Chrome (alterando o plano de fundo alterando um arquivo dll).
Se você estiver compilando seu próprio chrom [e | ium], consulte: link .