Deixar Auto-Arrange desativado, mas Align-to-Grid ativado. Dessa forma, você pode definir manualmente seus ícones para onde quiser e eles permanecerão bloqueados nessa posição da grade. Se você adicionar um novo ícone, por exemplo crie um novo atalho, se não o colocar onde você quer, basta arrastá-lo para a grade desejada. A única coisa que pode atrapalhar o arranjo de ícones é se você alterar a resolução da tela (isso é irritante!)