PDFJam (não é um aplicativo de GUI)
Várias páginas podem ser combinadas com ele.
sudo apt-get install pdfjam
Então você precisa usar o comando pdfnup
para combinar páginas:
pdfnup -2 [INPUT].pdf [OUTPUT].pdf
Isso combinará duas páginas de entrada por página de saída.
Consulte man pdfnup
para mais detalhes.
Consulte também este Stackoverflow pergunta.