Você pode achar que a instalação do W7 usou algum espaço em D: é por isso que você precisa dele para inicializar.
Claro, quando você cria um novo clone C:, dependendo da ordem das unidades (determinada pelo BIOS), as letras das unidades mudam e bagunçam tudo.
O mais fácil é desativar todas as outras partições, exceto a que você quer inicializar, e instalar um novo W7. Você deve então poder ativar suas partições de dados. Se tudo isso funcionar, você pode tentar ligar as outras partições de boot, mas esteja avisado de que eles provavelmente não inicializarão mais, você precisará mexer para obter a partição Linux inicializável - Win XP pode precisar de uma instalação diferente - que é para outra pergunta provavelmente - as instalações do Windows supõem que são o único jogo na cidade e tendem a assumir o MBR. A instalação do W7 irá redefinir o registro mestre de inicialização, assim você perderá o registro de inicialização para o GRUB. Eu geralmente acho mais fácil usar duas unidades físicas diferentes para multi-boot várias versões do Windows e Linux, mas isso depende de ter um bom suporte da BIOS.
Use um CD de utilitários inicializável para editar as partições com parted ou algo semelhante. Basta ver a tabela de partições e anotar cuidadosamente todas as partições e seus tipos de partição. Em seguida, altere os tipos de partição de todas as partições indesejadas para um tipo nulo ou inválido. Troque-os de volta mais tarde, nenhum dado será perdido ao alterar os tipos de partição dessa forma - contanto que você não mude para um tipo diferente, mas válido, e tente montá-los e usá-los.