Você está supondo que haja uma relação entre o quão cheio é o seu disco e a compactação em tal ponto, em essência não importará quão cheio o seu disco esteja, pois a compactação terá o mesmo efeito quando você mal tiver arquivos ou uma tonelada de arquivos. O que tem um efeito, porém, é que os dados estão mais longe do centro do seu disco, bem como a fragmentação, que ambos vêm quando você obtém um disco mais cheio (e somente em um HDD pode ser importante). Ambos, no entanto, não são problemas que você não pode consertar.
Então, isso basicamente transforma sua pergunta em "a compactação diminui o desempenho do disco?"
Para essa pergunta, já temos algumas perguntas e respostas, mas elas são basicamente subjetivas:
Se você realmente quiser saber, medindo a diferença de desempenho , você saberá se isso ajuda.