A porta padrão para o squid é 3128. Ele suporta HTTP, HTTPS e outros protocolos nessa porta. Ele também suporta um modo de proxy HTTP transparente usando uma porta separada. Para um proxy transparente funcionar, você precisará de regras NAT para encaminhar o tráfego da Web para o proxy. Eu Configure um Proxy Transparente do Squid usando as duas portas.
Não há conflito com o servidor Apache nos anos 80 e 443. Examine a configuração para não armazenar em cache o servidor local. Normalmente você deve isentar as conexões para o seu servidor local de passar pelo proxy transparente.
EDIT: Para operar como um proxy transparente para seus usuários, você precisará configurar seu firewall para encaminhar todas as solicitações da web que não sejam originadas do seu servidor squid para o servidor do squid. Em iptables
isso é feito com uma configuração DNAT. Eu uso o shorewall para construir meu firewall e ter uma regra como essa. ($ SQUID resolve o endereço IP do meu servidor squid.)
HTTP(DNAT) loc dmz:$SQUID:3129 - - - !192.168.0.0/16
Você também pode encaminhar outras portas comumente usadas para HTTP para o squid. Encaminho as portas 81, 82 e 8080 entre outras para o squid.
Você pode querer distribuir sua configuração de proxy conforme detalhado em Configurando o Squid Proxy no Ubuntu . Isso pode lidar com HTTPS e HTTP.