Tudo bem, então encontrei a resposta sozinho. o arquivo localizado em
/usr/local/rvm/gems/ruby-1.9.3-p194/gems/railties-3.2.7/lib/rails/generators/rails/app/templates/Gemfile
É realmente o arquivo que você precisa modificar. Não tem tudo o mais contido no seu arquivo de saída, apenas parte dele. Se você acrescentar algo a ele, ele aparecerá no seu Gemfile.