Qual é a saída de $ echo $TERM no GT e :echo $TERM no Vim?
Eu tive esse problema no passado (com o tmux) e trabalhei em torno dele adicionando as seguintes linhas ao meu ~/.vimrc :
nnoremap <Esc>A <up>
nnoremap <Esc>B <down>
nnoremap <Esc>C <right>
nnoremap <Esc>D <left>
inoremap <Esc>A <up>
inoremap <Esc>B <down>
inoremap <Esc>C <right>
inoremap <Esc>D <left>