Baseado em sua entrada que você está usando ext4, o grub não deve destruir seu sistema de arquivos. O ext2 começa com espaço para um setor de inicialização: link
Um dos métodos para fazer o boot duplo do Windows com o Linux é instalando o carregador de inicialização do grub na partição do Linux para que você possa manter o carregador de inicialização do Windows e deixar o Windows lida com o processo de inicialização dupla.
Qual é o estranho que o carregador de inicialização do grub poderia sobrescrever parcialmente os dados no início da partição Linux e corromper o arquivo? O grub realmente verifica se há dados no início da partição e os move para outro local na partição antes de gravar seu gerenciador de inicialização?
Baseado em sua entrada que você está usando ext4, o grub não deve destruir seu sistema de arquivos. O ext2 começa com espaço para um setor de inicialização: link
O GRUB não instala seus arquivos em uma partição por conta própria, usa os drivers do sistema de arquivos e, portanto, nunca sobrescreve arquivos existentes. No entanto, a documentação atual do GRUB desencoraja a prática de instalar em um sistema de arquivos Linux e considera esse método "frágil". Se é mais frágil do que instalar na terra de ninguém entre o MBR e o início da primeira partição está aberto para debate. É bem conhecido que vários programas escrevem dados nessa área e Atualmente, os desenvolvedores do GRUB são forçados a incluir soluções ad-hoc no código do GRUB sempre que um novo programa desse tipo é descoberto. O problema básico parece ser que os sistemas de arquivos ext * não fornecem um local fixo para o código de inicialização (além do bloco de inicialização do sistema de arquivos, o que é inadequado) e, portanto, o GRUB usa uma lista de bloqueio simples, mas não pode garantir que esses blocos permanecer sem mudanças. Isso está em contraste com, digamos, sistemas de arquivos NTFS, cujo código de inicialização é acessado através de ponteiros de localização fixa e arquivos.
O Windows (Vista, 7 & 8, de qualquer forma) geralmente tenta criar uma partição separada para a inicialização. E quando isso acontece, é quase sempre invisível para coisas normais do Windows, como o gerenciador de arquivos.
Normalmente, essa partição de inicialização do Windows é 100MEG, tem um nome de volume chamado "Sistema Reservado" e NÃO recebe uma letra de unidade. Claro, você ainda pode instalar o Windows em uma partição e não seguir esse caminho, mas você precisa sair do seu caminho ao instalar o Windows para fazê-lo.
Então dê outra olhada no particionamento da unidade usando algo como diskmgmt.msc (digite no painel de busca do orb do Windows para usar o utilitário) para ver se você não tem a partição 100Meg "System Reserved". É um pouco inútil, mas eu só quero mostrar que você provavelmente tem duas partições com o Windows - não uma.
De qualquer forma, estamos falando de um gerenciador de inicialização aqui. E se o Grub cometer um erro, tudo o que acontecerá é que você pode não conseguir inicializar no Windows. Mas todas as suas coisas ainda devem estar seguras - e até acessíveis. Ainda é bastante reparável, mas obviamente um pouco de um PITA também. (Sobre a única maneira "fácil" que encontrei para corrigir esse tipo de problema é formatar a partição de inicialização ou estragar intencionalmente o sinalizador de inicialização ou algo parecido e deixar a recuperação do sistema do Windows em DVD corrigi-la).
Portanto, a resposta curta que o Grub irá sobrescrever não é realmente possível ou até mesmo um problema. É claro, se você tem um disco rígido com falha onde o sinalizador SMART foi desarmado ou mesmo se os dados estiverem seriamente fragmentados, isso é outro problema. Só não vá piorar ajustando partições ou formatando-as especialmente.
E por falar nisso ... eu espero que você esteja desfragmentando suas partições do Windows sob seu próprio poder antes usando uma ferramenta Linux como o GParted. Não desfragmentar antes de encolher uma partição ou ajustá-la de qualquer maneira provavelmente introduzirá um novo conjunto de problemas. (Então você não pode dizer que eu não te avisei.)
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