Você pode desativar a "caixa de seleção na inicialização" e fazer isso manualmente para as contas desativadas, escolhendo-as e pressionando "Get Mail". Duvido que isso tenha um impacto considerável no uso da RAM.
Para desativar a verificação de e-mail na inicialização:
- clique com o botão direito na conta
- Selecione Configurações
- Escolha Configurações do servidor
- Desative a opção Verificar se há novas mensagens na inicialização
Isso fará com que o Thunderbird ignore as contas de e-mail desativadas, a menos que você queira que elas sejam verificadas.