LameXP pode codificar em lote os mp3s de um local e, em seguida, enviá-los para outro local, preservando a estrutura do diretório.
A opção que você desejará é "Preceder o caminho do arquivo de origem relativo ao arquivo de saída" na guia Diretório de saída do aplicativo.
É um pouco estranho na medida em que, na verdade, cola pastas para o caminho completo dos arquivos (assim, se codificar de C: \ Users \ Me \ Music e saída para C: \ Users \ Me \ Music2, você acabará com C: \ Usuários \ Me \ Música2 \ Usuários \ Me \ Música como a pasta de saída efetiva), mas faz o trabalho e preserva a estrutura de diretórios.