Estou assumindo que você está em um sistema Linux.
Se você não está preparado para ter as caixas de seleção para seleção de pasta, JBackPack é um front-end de GUI para o rdiff-backup que parece bem legal. O arquivo e a pasta exclude são uma lista ao contrário das caixas de seleção, e provavelmente só atenderão aos seus requisitos se você quiser fazer o backup de uma pasta e depois excluir subpastas e arquivos.
Você é razoavelmente leve em outros requisitos além de precisar de caixas de seleção para seleção ...