Você pode instalar o Ubuntu através do liveCD ou do liveUSB em uma partição do disco rígido externo que será criada sem excluir o restante dos dados (ele só encolherá a partição do disco) .
Mas a instalação do Ubuntu não é necessária para o seu problema: tudo o que você precisa fazer é inicializar o computador com o liveCD e copiar os dados da unidade do Windows para o externo, reinstalar o Windows ou tentar convertê-lo em disco básico.